Bei der OEKO-TEX® ORGANIC COTTON Zertifizierung wird zur Gewährleistung der Produktsicherheit das gesamte Prüfprogramm des OEKO-TEX® STANDARD 100 durchgeführt. Zusätzlich werden Tests auf gentechnisch veränderte Baumwolle (GVO) und Pestizide durchgeführt, um die Einhaltung des ökologischen Landbaus sicherzustellen. OEKO-TEX® hat einen quantitativen GVO-Test entwickelt, der es ermöglicht, unbeabsichtigte Verunreinigungen von Vermischungen in konventioneller Baumwolle gezielt zu unterscheiden. Falls ein qualitativer GVO-Test nicht bestanden wird, kann der quantitative GVO-Test klären, ob das Ergebnis auf eine unbeabsichtigte Verunreinigung, wie z.B. Faserflug, zurückzuführen ist oder nicht.